時間背景為不遠的未來，隨著科學技術的日新月異，人類已經不侷限在我們現有的物質空間進行探索，而是將好奇心的觸角伸到了更多的未知領域。
多年前一次充滿神秘色彩的科學考察中，中元科技研究所的幾位創始人，意外發現了在我們這個物質空間周圍，還共存著一個本元的空間。
經過深入的實驗，研究所找到了可以透過裝置，讓物質空間的人類本元進入本元空間的方法，從此正式展開了針對本元及其相關領域的科學研究。
因為在研究所工作的妻子無端被害，為了解救妻子，成方冒險進入本元空間。
透過自己對本元空間的逐步瞭解，一層層揭開了這個神奇的本元空間與我們的物質空間之間的微妙聯絡。
由此，成方，以及一個傳承了數千年的家族門派，和掌握尖端科技的神秘研究所，三者之間的故事就這樣展開了。